En attendant mieux, dans Evernote on peut sélectionner les différentes notes qui contiennent un fichier PDF puis cliquer sur Email:
Cela crée un courrier qui contient tous les PDF en pièce jointe :
Il n’y a même pas besoin de l’envoyer, il suffit de glisser les PDF dans un dossier du Finder pour les récupérer.
Seul (gros) problème: le nom des fichiers originaux n’est pas respecté. J’aime toujours Evernote, mais j’apprécie moyennement qu’il prenne ce genre de liberté avec mes fichiers — mes fichiers, pas les siens.

Au fond, cela veut peut-être simplement dire qu’il faut laisser tomber Evernote pour la syncro des fichiers, le garder uniquement pour la prise de notes? Ca voudrait aussi dire laisser tomber l’offre payante “premium” qui ne servirait plus à rien…